Сюда же включаю все парсеры и инструменты сериализации.
Хочется: фреймворк по типу Jena с полным представлением онтологии в виде объектов

Пока ничего не нашел

• Raptor RDF Parser Library - набор парсеров и сериалайзеров, поддержавающий RDF-триплеты и расширения (из известных мне - Dublin Core, OWL ). Представление - какие-то гнусные http://librdf.org/docs/api/objects.html - порождение извращенных фантазий какого-то фиолетового осьминога.

Утверждают, что есть отличная интеграция с Rasqal RDF Query Library(запросы к RDF) и Redland Language Bindings (API на разных языках, в т.ч. Python). Синтаксис - своеобразный.