Сюда же включаю все парсеры и инструменты сериализации.
Хочется: фреймворк по типу Jena с полным представлением онтологии в виде объектов

Рассмотрен:

• Raptor RDF Parser Library

Осваивает Ира

FACT++ - движок вывода OWL-DL, написанный на C++ и Java. Возможно, предоставляет API для OWL на Java. В исходниках (пакет Core) есть похожие на правду названия файлов (individuals и пр.) пока разбираюсь, можно ли использовать FACT++ как Jena.

Абсолютно нет документации, кроме комментариев в коде. Послал письмо создателю - англичанину Дмитрию Царькову .

Осваивает Юра

OWL Logic, с гордо присвоенной версией 1.0.
Дядя-создатель Guido Naudts уже читает письмо с вопросами относительно логического вывода.

• Пока я вижу, что OWL-онтологии преобразуются к N-3 нотации и успешно парсятся.
• Среди функций есть такие хорошие вещи, как getInverse, getDomain, getRange. Классы не используются.
• вывод, по-видимому произодится дружественным им движком CWM или RDFEngine. Смущает факт того, что эти движки - для RDF. Наверное, вывод можно произовдить по OWL, преобразованный в тройки N3.
• Смог скачать всё это добро и применить по отношению к имеющимся тесткейсам. Распарсило. Прилагаю архив

Как OWL-API - определённо применимо. Исследуется зацеп логического вывода и вопрос преобразования OWL-ек в тройки N3.