Сюда же включаю все парсеры и инструменты сериализации.
Хочется: фреймворк по типу Jena с полным представлением онтологии в виде объектов

Рассмотрен:

• Raptor RDF Parser Library

Осваивает Ира

FACT++ - движок вывода OWL-DL, написанный на C++ и Java. Возможно, предоставляет API для OWL на Java. В исходниках (пакет Core) есть похожие на правду названия файлов (individuals и пр.) пока разбираюсь, можно ли использовать FACT++ как Jena.

Lокументация - комментарии в коде.

пока не знаю

• OWL API (Euler Sharp)

[[ http://jena.sourceforge.net/documentation.html | Jena и ARQL]] - связка API + реализация языка запросов для Java.