Сюда же включаю все парсеры и инструменты сериализации.
Хочется: фреймворк по типу Jena с полным представлением онтологии в виде объектов

Рассмотрен:

• Raptor RDF Parser Library

• FACT++

пока не знаю

• OWL API (Euler Sharp)

[[ http://jena.sourceforge.net/documentation.html | Jena и ARQL]] - связка API + реализация языка запросов для Java.