Анализ расширений 3d-slicer

Были рассмотрены расширения для 3d-slicer с самым большим количеством звездочек на github.

Плагины разбиты на категории, отражающие их степень применимости в проекте.

Инфраструктура для создания плагинов

MONAILabel — плагин для интеграции с большим медицинским DL framework monai. Плагин для разметки данных под форматы используемые в данном framework.

SlicerJupyter — позволяет запускать 3d-slicer в качестве кернела Jupyter и использовать его прямо из ноутбука.

ExtensionsIndex — репозиторий с индексами плагинов 3d-slicer. Чтобы плагин появился в extension store, нужно добавить его в этот репозиторий.

SlicerMONAIViz — визуализация шагов Monai framework.

SlicerTorchIO — поддержка TorchIO В 3d-slicer, в том числе без кода.

https://torchio.readthedocs.io/ — PyTorch-based DL framework для работы с медицинскими данными.

3DSlicerTutorial_ExtensionModuleDevelopment – материал, как делать плагины для 3d-slicer.

SlicerDebuggingTools — дебагер плагинов 3d-slicer.

SlicerPyTorch — плагин для встраивания PyTorch внутрь 3d-slicer.

Имеющие отношение к теме проекта

SlicerHeart — плагин для кардиологического анализа. Есть механизмы выделения полостей, есть модули для планирования операций.

SlicerMorph — очень большой плагин, требует более детального изучения функwиональности.

SlicerLungCTAnalyzer — плагин, позволяющий сегментировать левое и правое легкое и трахею. Позволяет посчитать характеристики по КТ легких. В плагин встроена DL модель.

SlicerTomoSAM — плагин для сегментации с использованием Segment Anything Model (SAM) от Meta AI.

SlicerAutomatedDentalTools — плагин для проведения стоматологических операций. Внутри есть модель, позволяющая сегментировать отдельные части черепа.

U-Netmer: U-Net meets Transformer for medical image segmentation — примеры применения U-net в медицине.

SlicerDentalModelSeg — плагин для автоматической разметки зубов.

SlicerBoneReconstructionPlanner — плагин планирования операций.

Slicer-ABLTemporalBoneSegmentation — плагин для выделения височной кости.

модель для выделения височной кости.

Slicer-BoneThicknessMapping — плагин рисующий градиенты по толщине костей.

Слабо связанные с темой проекта

SlicerEPISURG — датасет с МРТ мозга.

SlicerNeuroSegmentation — плагин для разметки мозга.

SlicerOpenAnatomy — плагин для составления анатомических атласов.

SlicerElastix — плагин для регистрации медицинских изображений.

SlicerRVXLiverSegmentation — плагин для разметки КТ печени.

SegmentationReview — плагин для оценки качества разметки DL-датасетов.

Slicer-SurfaceWrapSolidify — плагин для прототипирования протезов.