Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- projects:otolaryngologist:task_calculate_volume [2024/02/18 00:28] – created psamsonov
+++ projects:otolaryngologist:task_calculate_volume [2024/05/06 20:48] (current) – Добавил финальный пайплайн и инструкцию по использованию psamsonov
@@ Line 1: / Line 1: @@
-====== Задача: расчёт объёма дыхательных пазух ======
+====== Расчёт объёма дыхательных пазух: выбор алгоритма/подхода ======
-===== Способ через 3D =====
+===== Способ через отдельную 3D-программу =====
 В качестве 3D программы для пробы того, что будет ли способ вообще рабочим, был выбран Blender, так как он поддерживает множество форматов, а также является open source приложением.
-==== Что было попробовано: ====
+==== Преобразование nii в stl ====
-=== Преобразование nii в stl ===
 Было попробовано преобразование **nii** в **stl** через данный метод: \\ http://wiki.osll.ru/doku.php/projects:otolaryngologist:nii_to_mesh
-== Вывод: ==
+=== Вывод: ===
 данная идея была сразу отброшена по данным причинам:
-    * Сложно настраивать параметры, потому что нужно каждый раз запускать скрипты, чтобы увидеть результат, так ещё и через двойной прогон; \\ \\ Без настройки параметров можно увидеть множество шумов и дефектов. \\ СТАРЫЙ ИМЕДЖ \\
+    * Сложно настраивать параметры, потому что нужно каждый раз запускать скрипты, чтобы увидеть результат, так ещё и через двойной прогон; \\ \\ Без настройки параметров можно увидеть множество шумов и дефектов. \\  {{:projects:otolaryngologist:nii_to_stl.png?400|}} \\
     * Также способ сам по себе не удобен и долгий, ведь предполагает использование множества шагов почти несвязанных друг с другом.
-=== Анализ библиотеки плагинов 3D Slicer'а и его самого ===
+==== Анализ библиотек плагинов 3D Slicer'а для экспорта моделей ====
-    * Были найдены библиотеки для Python для импорта/экспорта разных 3D форматов из сохранённой сегментации, но это всё не равно не удобно, ведь присутствует дополнительный шаг, хоть и эта библиотека работает с уже сегментированном форматом файлов, поэтому позволяет подготовить сегментацию в 3D Slicer; \\ \\ Вот пример: \\ https://pypi.org/project/slicerio/
+    * Были найдены библиотеки для Python для импорта/экспорта разных 3D форматов из сохранённой сегментации, но это всё не равно не удобно, ведь присутствует дополнительный шаг, хоть и эта библиотека работает с уже сегментированном форматом файлов, поэтому позволяет подготовить сегментацию в **3D Slicer**; \\ \\ Вот пример: \\ https://pypi.org/project/slicerio/
     * Также было найдено, что есть такой набор библиотек, как **VTK**. Он встроен в **3D Slicer**, что позволяет вообще нативно проводить сегментацию снимков (с множеством настроек), а также имеется так нужный нам экспорт.
-== Вывод: ==
+=== Вывод: ===
 мы нашли способ позволяющий несколькими кликами экспортировать медицинские снимки в популярные 3D форматы файлов.
-== Инструкция по способам: ==
+=== Инструкция по способам: ===
 Давайте тут подробнее разберём шаги:
     - Через **3D Slicer** открываем наши снимки (пусть для примера это будут **nii** файл);
     - Далее нам нужно сегментировать нашу область, поэтому мы открываем **Segment Editor**, который находится в списке всех модулей по такому пути: **Segmentation/Segment Editor**;
-    - Создаём области с помощью инструмента **Threshold**. Выбираем в нём любой алгоритм;
+    - Создаём области с помощью инструмента **Threshold**: крутим нижний порог до того, чтобы на взгляд почти везде хорошо выглядело;
-    - Крутим нижний порог до того, чтобы на взгляд почти везде хорошо выглядело;
     - А на тех местах, где не дорисовывается стенка — мы используем инструмент **Paint** и дорисовываем;
-    - Затем мы переименовываем сегмент, как нам удобно и нажимаем на выдвигающиеся меню на кнопке с зелёной стрелкой. И выбираем пункт `Export to Files`. Выбираем разве что только путь, куда сохранится 3D объект и его формат (будем использовать `stl`);
+    - Затем мы переименовываем сегмент, как нам удобно и нажимаем на выдвигающиеся меню на кнопке с зелёной стрелкой. И выбираем пункт **Export to Files**. Выбираем разве что только путь, куда сохранится 3D объект и его формат (будем использовать **stl**); {{ :projects:otolaryngologist:export_from_3d_slicer.png?400 |}}
-    - Уже в `Blender` удаляем внешние стенки (например через выделение через лассо с включенным `x-ray` с видом сверху);
+    - Уже в **Blender** удаляем внешние стенки (например через выделение через лассо с включенным **x-ray** с видом сверху);
-    - Затем удаляем аккруратно всё лишнее посередине через тот же способ, что и выше;
+    - Затем удаляем аккуратно всё лишнее посередине через тот же способ, что и выше;
-    - Пользуемся функцией выделения сетки по соседям (Select Linked) на каждой из пазухи и делаем `Separate` в отдельные объекты;
+    - Пользуемся функцией выделения сетки по соседям (Select Linked) на каждой из пазухи и делаем **Separate** в отдельные объекты;
     - Подчищаем геометрию, если нужно. Можно даже подчистить с дырками;
-    - Ставим плагин под названием `Mesh: 3D-print Toolbox`;
+    - Ставим плагин под названием **Mesh: 3D-print Toolbox**;
-    - Открываем в свойствах объекта вкладку `3D-print` и пользуемся функцией `Clean Up/Make Manifold`, которая заделывает дырки;
+    - Открываем в свойствах объекта вкладку **3D-print** и пользуемся функцией **Clean Up/Make Manifold**, которая заделывает дырки;
-    - И нажимаем `Statistics/Volume` - и видим объём.
+    - И нажимаем **Statistics/Volume** - и видим объём. {{:projects:otolaryngologist:calculated_volume.png?400|}}
+==== Проблемы и попытки их решить ====
-=== Проблемы и попытки их решить ===
-== 3D объект получается большим ==
+=== 3D объект получается большим ===
-Из-за чего `Blender`'у немного тяжело работать в `Edit Mode` (может в среднем думать по 2-3 секунды), когда мы пытаемся сделать какие-нибудь преобразования над мешем.
+Из-за чего **Blender**'у немного тяжело работать в **Edit Mode** (может в среднем думать по 2-3 секунды на приблизительно среднем железе), когда мы пытаемся сделать какие-нибудь преобразования над мешем.
-    * Можно уменьшить кол-во сетки с помощью модификатор `Decimate` в Blender'е, но тогда мы можем потерять в точности вычисления объёма, поэтому мы отказались от такой идеи;
+    * Можно уменьшить кол-во сетки с помощью модификатор **Decimate** в **Blender**'е, но тогда мы можем потерять в точности вычисления объёма, поэтому мы отказались от такой идеи;
-    * Можно в `3D Slicer`'е воспользоваться инструментом `Scissors`, и он нам помогает, но уже в `Blender` придётся аккуратнее тогда удалять стенки, которые появляются ещё в `3D Slicer`'е из-за логики работы сегментации. Ну и ножницами тоже надо аккуратнее пользоваться, чтобы не отрезать лишнего.
+    * Можно в **3D Slicer**'е воспользоваться инструментом **Scissors**, и он нам помогает, но уже в **Blender** придётся аккуратнее тогда удалять стенки, которые появляются ещё в **3D Slicer**'е из-за логики работы сегментации. Ну и ножницами тоже надо аккуратнее пользоваться, чтобы не отрезать лишнего.
-== Невозможно подкрутить идеально Threshold в 3D Slicer'е. ==
+=== Невозможно подкрутить идеально Threshold в 3D Slicer'е. ===
-На выбор у нас есть множество алгоритмов: **Otsu**, **Huang**, **IsoData**, **Kittler-Illingworth**, **Maximum Entropy**, **Moments**, **Renyi entropy**, **Shanbhag**, **Triangle**, **Yen**.
+На выбор у нас есть множество пресетов: **Otsu**, **Huang**, **IsoData**, **Kittler-Illingworth**, **Maximum Entropy**, **Moments**, **Renyi entropy**, **Shanbhag**, **Triangle**, **Yen**, но они все не работали хорошо на примере, который мы рассматривали и приходилось вручную двигать ползунки **threshold**'а.
-Мы попробовали их всех и пришли к таким выводам:
+Но если даже двигать их вручную, то появлялись такие артефакты, как не бралась область, где на глаз должна быть стенка. Но когда мы увеличивали значение **threshold**'а, то брались области, где должна быть пустота.
-    - В целом визуально примерно все давали одинаковые результаты, поэтому сложно было выбрать какой-то конкретный;
-    - Также во всех алгоритмах на некоторых снимках появлялись такие артефакты, как не бралась область, где на глаз должна быть стенка. Но когда мы увеличивали значение `threshold`'а, то брались области, где должна быть пустота.
-Учитывая пункты выше было решено, что threshold` не надо завышать и легче воспользоваться инструментом `Paint` и провести стенки самим, там где они должны были быть. В основном это не надо делать больше, чем на нескольких снимках.
+Учитывая пункты выше можно пойти двумя путями:
+    - **threshold** не надо завышать и нужно будет воспользоваться инструментом **Paint** и провести стенки самим, там где они должны были быть. В основном это не надо делать больше, чем на нескольких снимках;
+    - Либо же чуток завышаем **threshold**, чтобы появлялись артефакты, но мы ими просто пренебрегаем, потому что нам нужна приблизительная оценка.
+===== Только встроенными инструментами 3D Slicer'а =====
-===== На чём остановились =====
+==== С использованием только лишь встроенного функционала ====
+Был проанализирован функционал **3D Slicer**'а и были найдены такие интересные инструменты, как:
+    - Инструмент под названием **Islands** в модуле **Segment Editor**;
+    - Модуль **Segment Statistics**, который находится в категории **Quantification**.
+Сочетание этих двух инструментов открыл ещё более быстрый и удобный путь для получения объёма.
+=== Инструкция по нему ===
+    - Первые шаги по открытии и выбора модуля **Segmentation/Segment Editor** аналогичны;
+    - Выбираем один из способов выделения областей описанных после данной инструкции и применяем его;
+    - Далее выбираем инструмент **Islands** и далее выбираем **Split Islands to segments**. В **Minumum Size** ставим, например, **70k** (данное значение позволило выделить только пазухи и оставляет всё ещё запас, потому что по итогу пазухи имели в районе **130k** вокселей, поэтому можно даже взять значение больше и не бояться, что пазухи не выделяться);
+    - Возможно перед следующим шагом надо будет применить ещё какие-то инструкции из способов ниже;
+    - Тут у нас должны остаться лишь 3 сегмента: две пазухи и внешняя часть. Если это не так, то можем повысить кол-во вокселей на прошлом шаге или вручную удалить, ведь внешнюю часть в любом случае надо будет удалить;
+    - Затем заходим в **Quantification/Segment Statistics** и выбираем в поле **Segmentation** нашу сегментацию с двумя сегментами (то есть нашими пазухами);
+    - В `Advanced` по умолчанию настроено уже, как нам нужно, но можно на всякий случай убрать **Scalar Volume**, потому что там будут идентичные результаты с **Label Map** (хотя он и так работает только тогда, когда выбираешь **Scalar Volume** вместо **None**, поэтому и говорю, что и по умолчанию всё хорошо);<WRAP center round important>
+Для работы **Closed Surface** нужно, чтобы в **Segment Editor** было включено **Show 3D**.
+</WRAP>
+    - Нажимаем **Apply** и видим результаты. Их разбор будет пунктом ниже.
+=== Алгоритмы выбора сегментов ===
+    - Вручную дополнять: \\ <WRAP>
+Это случай с завышением **Threshold**'а и ручным дорисовыванием с помощью инструмента **Paint** или убирать лишнее с помощью **Erase**.
+**Результаты:**
+| Segment | Voxel count | Surface mm2 | Volume cm3 |
+| Left    | 152976      | 4232.45     | 19.179     |
+| Right   | 136020      | 4071.59     | 17.0564    |
+**Вывод:** Это не удобно и очень муторно.
+</WRAP>
+    - Завысить Threshold: \\ <WRAP>
+Главное, чтобы пазуха была отдельной частью.
+**Результаты:**
+| Segment | Voxel count | Surface mm2 | Volume cm3 |
+| Left    | 121637      | 4759.2      | 15.2877    |
+| Right   | 118842      | 4451.78     | 14.9167    |
+**Вывод:** имеет смысл, но результаты получаются не такими точными и красивыми, как хотелось бы.
+</WRAP>
+    - Завысить Threshold c Smoothing \\ <WRAP>
+Инструкция:
+        - после применения инструмента **Islands** мы для **каждой** из пазух применяем инструмент **Smoothing** в режиме **Closing (fill holes)** (я выбрал **10.00mm**);
+**Результаты:**
+| Segment | Voxel count | Surface mm2 | Volume cm3 |
+| Left    | 135528      | 3913.61     | 16.994     |
+| Right   | 132024      | 3928.04     | 16.5569    |
+**Вывод:** уже в разы лучше.
+</WRAP>
+    - С использованием Margin и опционально Smoothing \\ <WRAP>
+Инструкция:
+        - Тут мы можем взять такой **Threshold**, который будет удовлетворять визуально и забить на то, что могут быть небольшие соединения пазух с другими элементами носа. И применяем его;
+        - Затем мы выбираем инструмент **Margin** и выбираем в **Operation**: **Shrink**, а в качестве размера можно выбрать: **1.00mm**;
+        - Далее используем инструмент **Islands** по инструкции выше;
+        - И теперь применяем обратно **Margin** с таким же размером, но в режиме: **Grow**.
+        - Опционально ещё можем применить инструмент **Smoothing** в режиме **Closing (fill holes)**, например, на **5.00mm**.
+**Результаты только с Margin:**
+| Segment | Voxel count | Surface mm2 | Volume cm3 |
+| Left    | 145906      | 4250.16     | 18.2842    |
+| Right   | 141524      | 4202.23     | 17.743     |
+**Результаты также ещё и с Closing (fill holes) (5.00mm):**
+| Segment | Voxel count | Surface mm2 | Volume cm3 |
+| Left    | 148392      | 4114.5      | 18.6082    |
+| Right   | 143420      | 4130.2      | 17.9869    |
+**Выводы:**
+По результатам можно увидеть, что **Smoothing** (остальные алгоритмы я тоже пробовал, но они визуально работали хуже) не особо что-то меняет, потому что и без него получается очень приближённо к настоящим результатам, но при этом он бывает сглаживает не в тех местах, из-за чего, например, **Right** и повысился. Поэтому данный способ лучше юзать без сглаживания (либо с небольшим сглаживанием, но результаты тогда будут на уровне +1-2%).
+</WRAP>
+    - Окончательный алгоритм: \\ <WRAP>
+Этапы:
+    - Создаём сегмент для маски, которую мы будем в дальнейшем использовать и делаем её активной;
+    - Применяем инструмент **Threshold** (параметры для него задаёт пользователь и подробнее про них будет ниже) в качестве **MinimumThreshold**;
+    - Затем применяем **Smoothing** с параметрами: **Closing (fill holes)** и 1.5mm;
+    - Затем инвертируем сегмент маски;
+    - Переключаемся на первоначальный сегмент, а также выставляем в качестве маски, тот сегмент маски, с которым мы работали до этого;
+    - Применяем **Local Threshold** (инструмент из данного пакета: [[https://github.com/lassoan/SlicerSegmentEditorExtraEffects|ссылка]]) и затем задаём такие параметры: в качестве уже **MaximumThreshold** ставим параметр от пользователя, в качестве **SegmentationAlgorithm** выбираем **GrowCut**, а в качестве **MinimumDiameterMm** 1.0mm;
+    - Теперь мы выполнили всю работу с маской, тем самым можем удалить эту маску;
+    - Далее применяем **Islands** с режимом удаления мелких островков и с параметром **MinimumSize**=3000, чтобы отбросить лишнее, если оно будет;
+    - Под конец я применяем **Smoothing** с параметрами: **Closing (fill holes)** и 1.5mm, чтобы соединить те части, которые могли потенциально разъединиться от шагов выше.
+| Segment | Voxel count | Surface mm2 | Volume cm3 |
+| Left    | 156162      | 4492.03     | 19.5664    |
+| Right   | 141382      | 4258.5      | 17.7276    |
+</WRAP>
+=== Выводы ===
+На основе всех вычислений выше (и на основе вычислений значений на других наборах слайсов), и так как это был наихудший пример — было принято взять последний алгоритм, так как он работал более стабильнее.
+===== Инструкция по использованию =====
+{{ :projects:otolaryngologist:instruction_calculator_volume.png?600 |}}
+    - Раскрывает/закрывает работу с пазухами;
+    - Можно выбрать/создать/переименовать ноду сегментации;
+    - Можно выбрать тот объём слайсов с которым будет производится работа;
+    - Можно настроить отклонение порога, где базовым значение является значение выставленное алгоритмом в следующем пункте;
+    - Позволяет выбрать алгоритм, который будет выставлять базовое значение порога;
+    - Переключает отображение 3D;
+    - Является переключателем, показывающим примерную область, которая будет выделена при нажатии на слайс;
+    - Список имён, которое переключает выбранный сегмент сегментации;
+    - Можно выбрать таблицу, куда будут экспортированы данные;
+    - Подсчитывает результаты и отображает их внизу экрана.