projects:otolaryngologist:task_calculate_volume
Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
Both sides previous revisionPrevious revisionNext revision | Previous revision | ||
projects:otolaryngologist:task_calculate_volume [2024/02/23 22:34] – Добавил ещё один способ выделения пазух; Добавил описание расчёта объёма прямо в Slicer 3D и их сравнения в виде таблиц psamsonov | projects:otolaryngologist:task_calculate_volume [2024/05/06 20:48] (current) – Добавил финальный пайплайн и инструкцию по использованию psamsonov | ||
---|---|---|---|
Line 25: | Line 25: | ||
- Создаём области с помощью инструмента **Threshold**: | - Создаём области с помощью инструмента **Threshold**: | ||
- А на тех местах, | - А на тех местах, | ||
- | - Затем мы переименовываем сегмент, | + | - Затем мы переименовываем сегмент, |
- Уже в **Blender** удаляем внешние стенки (например через выделение через лассо с включенным **x-ray** с видом сверху); | - Уже в **Blender** удаляем внешние стенки (например через выделение через лассо с включенным **x-ray** с видом сверху); | ||
- Затем удаляем аккуратно всё лишнее посередине через тот же способ, | - Затем удаляем аккуратно всё лишнее посередине через тот же способ, | ||
Line 67: | Line 67: | ||
- Затем заходим в **Quantification/ | - Затем заходим в **Quantification/ | ||
- В `Advanced` по умолчанию настроено уже, как нам нужно, но можно на всякий случай убрать **Scalar Volume**, потому что там будут идентичные результаты с **Label Map** (хотя он и так работает только тогда, когда выбираешь **Scalar Volume** вместо **None**, поэтому и говорю, | - В `Advanced` по умолчанию настроено уже, как нам нужно, но можно на всякий случай убрать **Scalar Volume**, потому что там будут идентичные результаты с **Label Map** (хотя он и так работает только тогда, когда выбираешь **Scalar Volume** вместо **None**, поэтому и говорю, | ||
- | Не знаю почему, | + | Для работы **Closed Surface** |
</ | </ | ||
- Нажимаем **Apply** и видим результаты. Их разбор будет пунктом ниже. | - Нажимаем **Apply** и видим результаты. Их разбор будет пунктом ниже. | ||
Line 76: | Line 76: | ||
**Результаты: | **Результаты: | ||
- | | Segment | Voxel count | Volume mm3 (LM) | Volume cm3 (LM) | Surface mm2 | Volume mm3 (CS) | Volume cm3 (CS) | | + | | Segment | Voxel count | Surface mm2 | Volume cm3 | |
- | | Left | 152976 | + | | Left | 152976 |
- | | Right | 136020 | + | | Right | 136020 |
**Вывод: | **Вывод: | ||
</ | </ | ||
Line 85: | Line 85: | ||
**Результаты: | **Результаты: | ||
- | | Segment | Voxel count | Volume mm3 (LM) | Volume cm3 (LM) | Surface mm2 | Volume mm3 (CS) | Volume cm3 (CS) | | + | | Segment | Voxel count | Surface mm2 | Volume cm3 | |
- | | Left | 121637 | + | | Left | 121637 |
- | | Right | 118842 | + | | Right | 118842 |
**Вывод: | **Вывод: | ||
</ | </ | ||
Line 95: | Line 95: | ||
**Результаты: | **Результаты: | ||
- | | Segment | Voxel count | Volume mm3 (LM) | Volume cm3 (LM) | Surface mm2 | Volume mm3 (CS) | Volume cm3 (CS) | | + | | Segment | Voxel count | Surface mm2 | Volume cm3 | |
- | | Left | 135528 | + | | Left | 135528 |
- | | Right | 132024 | + | | Right | 132024 |
**Вывод: | **Вывод: | ||
</ | </ | ||
Line 109: | Line 109: | ||
**Результаты только с Margin:** | **Результаты только с Margin:** | ||
- | | Segment | Voxel count | Volume mm3 (LM) | Volume cm3 (LM) | Surface mm2 | Volume mm3 (CS) | Volume cm3 (CS) | | + | | Segment | Voxel count | Surface mm2 | Volume cm3 | |
- | | Left | 145906 | + | | Left | 145906 |
- | | Right | 141524 | + | | Right | 141524 |
**Результаты также ещё и с Closing (fill holes) (5.00mm):** | **Результаты также ещё и с Closing (fill holes) (5.00mm):** | ||
- | | Segment | Voxel count | Volume mm3 (LM) | Volume cm3 (LM) | Surface mm2 | Volume mm3 (CS) | Volume cm3 (CS) | | + | | Segment | Voxel count | Surface mm2 | Volume cm3 | |
- | | Left | 148392 | + | | Left | 148392 |
- | | Right | 143420 | + | | Right | 143420 |
**Выводы: | **Выводы: | ||
По результатам можно увидеть, | По результатам можно увидеть, | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | - Окончательный алгоритм: | ||
+ | Этапы: | ||
+ | - Создаём сегмент для маски, которую мы будем в дальнейшем использовать и делаем её активной; | ||
+ | - Применяем инструмент **Threshold** (параметры для него задаёт пользователь и подробнее про них будет ниже) в качестве **MinimumThreshold**; | ||
+ | - Затем применяем **Smoothing** с параметрами: | ||
+ | - Затем инвертируем сегмент маски; | ||
+ | - Переключаемся на первоначальный сегмент, | ||
+ | - Применяем **Local Threshold** (инструмент из данного пакета: | ||
+ | - Теперь мы выполнили всю работу с маской, | ||
+ | - Далее применяем **Islands** с режимом удаления мелких островков и с параметром **MinimumSize**=3000, | ||
+ | - Под конец я применяем **Smoothing** с параметрами: | ||
+ | |||
+ | | Segment | Voxel count | Surface mm2 | Volume cm3 | | ||
+ | | Left | 156162 | ||
+ | | Right | 141382 | ||
+ | |||
+ | |||
</ | </ | ||
=== Выводы === | === Выводы === | ||
- | Лучше всего показал себя последний | + | На основе всех вычислений |
+ | |||
+ | ===== Инструкция по использованию ===== | ||
+ | |||
+ | {{ : | ||
- | ===== На чём остановились | + | - Раскрывает/ |
+ | - Можно выбрать/ | ||
+ | - Можно выбрать тот объём слайсов с которым будет производится работа; | ||
+ | - Можно настроить отклонение порога, | ||
+ | - Позволяет выбрать алгоритм, | ||
+ | - Переключает отображение 3D; | ||
+ | - Является переключателем, | ||
+ | - Список имён, которое переключает выбранный сегмент сегментации; | ||
+ | - Можно выбрать таблицу, | ||
+ | - Подсчитывает результаты и отображает их внизу экрана. |
projects/otolaryngologist/task_calculate_volume.1708716888.txt.gz · Last modified: 2024/02/23 22:34 by psamsonov