Сайт проекта
GitHub

Особенности:

• Интеграция с Jupyter notebook;
• В приложении рабочая область с достаточно большим функционалом;
• Oбласть в которой будут отображаться снимки исследований, а также 3d модель является постоянной;
• Подход жесткого закрепления элементов интерфейса, даже когда закрепленные за ним функции не используются;
• Возможность оперативно и без особых усилий подгрузить файлы КТ-снимков;
• Высокое качество 3D моделей;
• Большое количество документации, а так же ее доступность.

Сайт проекта

Особенности:

• Более современный интерфейс;
• Поддержка русского языка;
• Позволяет без особых усилий подгрузить файлы;
• Высокое качество 3D моделей.

Сайт проекта

Особенности:

• Функционал приложения открывается в нужный момент;
• Приятное оформление;
• Хорошая производительность.

Исходя из большего функционала, удобства, качества и доступной документации предпочтение отдается разработке на основе 3D Slicer.

Сегментация изображения (или контурирование) – это процедура очерчивания участков изображения, в частности, соответствующих различным анатомическим структурам. Данная процедура необходима для визуализации структур, измерения их параметров, ограничения области анализа и т. д.

Сегментация может быть произведена вручную, но чаще всего используются полуавтоматические и автоматические методы сегментации. 3D Slicer предлагает модуль Segment editor, в котором реализованы различные методы сегментации.

Полученные в результате сегментации участки могут быть представлены в различном виде. Некоторые способы представления, их достоинства и недостатки представлены на рис. 1.

Чаще всего используется представление в виде binary labelmap, так как данные в таком представлении проще редактировать.3D Slicer предоставляет модули для работы с сегментацией, такие как Segment editor и Segment statistics.

Модуль Segment editor позволяет выделять сегменты на 2D/3D/4D изображениях. Данный модуль предлагает инструменты для редактирования перекрывающих друг друга сегментов, редактирования данных, представленных в трёхмерном виде и т. д. рис.2.

Модуль Segment statistics позволяет считать позволяет считать статистику для выбранной структуры. Расчеты параметров производятся на структуре, представленной в виде binary labelmap — это стоит иметь в виду, так как точность такого вида представления ограничена.
Ниже представлены основные параметры, рассчитываемые модулем, которые могут использоваться для выполнения поставленной задачи:

1. Объём сегмента (в мм2 и см2). Метаданные формата DICOM содержат информацию о размере пикселей, расстоянии между слоями, физическом положении слоёв в пространстве их ориентации и т. д. Все эти параметры учитываются при расчёте объёма;
2. Площадь поверхности (в мм2);
3. “Округлость” сегмента;
4. Плоскостность сегмента;
5. Вытянутость сегмента (elongation).

Краткое описание функционала Segment statistics представлено в документации к 3D Slicer. Подробное описание последних трёх параметров и код для их расчёта можно найти здесь.