Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- projects:otolaryngologist:medical_image_analysis_software [2023/04/23 21:57] – evinogradova
+++ projects:otolaryngologist:medical_image_analysis_software [2023/06/03 23:12] (current) – ↷ Page name changed from projects:otolaryngologist:nasal_septum_selection_principles to projects:otolaryngologist:medical_image_analysis_software kel
@@ Line 1: / Line 1: @@
 ====== Сравнение систем анализа медицинских изображений ======
-^    ^  [[#d_slicer|3D Slicer]]  ^ [[#d_inves|InVesalius 3]]   ^ [[#d_star|Starviewer]]   ^
+^    ^  [[#d_slicer|3D Slicer]]  ^  [[#InVesalius|InVesalius 3]]  ^  [[#Starviewer|Starviewer]]  ^
-|Open Source  |@lightgreen:  |@lightgreen:  |@lightgreen:  |
+|Open Source  | @lightgreen: | @lightgreen: | @lightgreen: |
-|Языки программирования  |C++ / Python  |Python  |C++  |
+|Языки программирования  | C++ / Python | Python | C++ |
-|Технологии интерфейса пользователя  |Qt 5  |  |  |
+|Технологии интерфейса пользователя  | Qt 5 | PyCharm | Qt 5 |
-|Механизм реализации расшиений/плагинов  |@lightgreen:  |  |  |
+|Механизм реализации расшиений/плагинов  |@lightgreen: | @lightgreen: | @lightgreen: |
-|Система сборки  |CMake  |  |  |
+|Система сборки  | CMake | CMake | CMake |
-|Дата последней версии  |  22.02.2023|  |  |
+|Дата последней версии  | 22.02.2023| 18.08.2017 | 12.02.2022 |
+====== Сравнение основных свойств исследуемых приложений ======
+^    ^  [[#d_slicer|3D Slicer]]  ^  [[#InVesalius|InVesalius 3]]  ^  [[#Starviewer|Starviewer]]  ^
+|Пользовательский интерфейс | 6/10 | 7/10 | 8/10 |
+|Функциональность | 9/10 | 8/10 | 6/10 |
+|Пригодность к расширению функционала  | 8.5/10 | 6.5/10 | 5/10 |
+|Наличие документации и иной информации  | 8/10 | 6/10 | 5/10 |
+|Производительность  | 6/10 | 6.5/10 | 7/10 |
+|Качество 3D моделирования  | 8/10 | 7/10 | 2/10 |
 ===== 3D Slicer =====
 > //[[https://www.slicer.org/|Сайт проекта]]//
@@ Line 13: / Line 21: @@
 Особенности:
-  * Интеграция с Jupyter notebook
+  * Интеграция с Jupyter notebook;
-Сегментация изображения (или контурирование) – это
+  * В приложении рабочая область с достаточно большим функционалом;
-процедура очерчивания участков изображения, в частности,
+  * Oбласть в которой будут отображаться снимки исследований, а также 3d модель является постоянной;
-соответствующих различным анатомическим структурам. Данная
+  * Подход жесткого закрепления элементов интерфейса, даже когда закрепленные за ним функции не используются;
-процедура необходима для визуализации структур, измерения их
+  * Возможность оперативно и без особых усилий подгрузить файлы КТ-снимков;
-параметров, ограничения области анализа и т. д.\\\\
+  * Высокое качество 3D моделей;
-Сегментация может быть произведена вручную, но чаще всего
+  * Большое количество документации, а так же ее доступность.
-используются полуавтоматические и автоматические методы
+===== InVesalius 3 =====
-сегментации. 3D Slicer предлагает модуль Segment editor, в котором
+> //[[https://invesalius.github.io/|Сайт проекта]]//
-реализованы различные методы сегментации.\\
-Полученные в результате сегментации участки могут быть
-представлены в различном виде. Некоторые способы
-представления, их достоинства и недостатки представлены на рис.
-.
+Особенности:
+  * Более современный интерфейс;
+  * Поддержка русского языка;
+  * Позволяет без особых усилий подгрузить файлы;
+  * Высокое качество 3D моделей.
+===== Starviewer =====
+> //[[http://starviewer.udg.edu/|Сайт проекта]]//
+Особенности:
+  * Функционал приложения открывается в нужный момент;
+  * Приятное оформление;
+  * Хорошая производительность.
+===== Вывод =====
+Исходя из большего функционала, удобства, качества и доступной документации предпочтение
+отдается разработке на основе 3D Slicer.
+====== Средства идентификации носовой перегородки ======
+Сегментация изображения (или контурирование) – это процедура очерчивания участков изображения, в частности, соответствующих различным анатомическим структурам. Данная процедура необходима для визуализации структур, измерения их параметров, ограничения области анализа и т. д.\\
+Сегментация может быть произведена вручную, но чаще всего используются полуавтоматические и автоматические методы сегментации. 3D Slicer предлагает модуль Segment editor, в котором реализованы различные методы сегментации.\\
+Полученные в результате сегментации участки могут быть представлены в различном виде. Некоторые способы представления, их достоинства и недостатки представлены на рис. 1.\\
+ {{ рис.1.jpg?600 |Сравнение разных видов представления сегментированных участков изображения. }}
+Чаще всего используется представление в виде binary
+labelmap, так как данные в таком представлении проще
+редактировать.3D Slicer предоставляет модули для работы с сегментацией,
+такие как Segment editor и Segment statistics.\\
+Модуль Segment editor позволяет выделять сегменты на
+D/3D/4D изображениях. Данный модуль предлагает инструменты
+для редактирования перекрывающих друг друга сегментов,
+редактирования данных, представленных в трёхмерном виде и т. д. рис.2.\\
+{{ рис.2.jpg?600 |Интерфейс Segment editor. }}
+Модуль Segment statistics позволяет считать позволяет
+считать статистику для выбранной структуры. Расчеты параметров
+производятся на структуре, представленной в виде binary labelmap
+— это стоит иметь в виду, так как точность такого вида
+представления ограничена.\\
+Ниже представлены основные параметры, рассчитываемые
+модулем, которые могут использоваться для выполнения
+поставленной задачи:
+  - Объём сегмента (в мм2 и см2). Метаданные формата DICOM содержат информацию о размере пикселей, расстоянии между слоями, физическом положении слоёв в пространстве их ориентации и т. д. Все эти параметры учитываются при расчёте объёма;
+  - Площадь поверхности (в мм2);
+  - “Округлость” сегмента;
+  - Плоскостность сегмента;
+  - Вытянутость сегмента (elongation).
+Краткое описание функционала Segment statistics представлено в
+[[https://slicer.readthedocs.io/en/latest/user_guide/modules/segmentstatistics.html|документации к 3D Slicer]]. Подробное описание последних трёх
+параметров и код для их расчёта можно найти [[https://www.insight-journal.org/browse/publication/301|здесь.]]\\