This is an old revision of the document!
Table of Contents
Сравнение систем анализа медицинских изображений
3D Slicer | InVesalius 3 | Starviewer | |
---|---|---|---|
Open Source | |||
Языки программирования | C++ / Python | Python | C++ |
Технологии интерфейса пользователя | Qt 5 | ||
Механизм реализации расшиений/плагинов | |||
Система сборки | CMake | ||
Дата последней версии | 22.02.2023 |
3D Slicer
InVesalius 3
Starviewer
Особенности:
- Интеграция с Jupyter notebook;
- В приложении рабочая область с достаточно большим функционалом;
- Oбласть в которой будут отображаться снимки исследований, а также 3d модель является постоянной;
- Подход жесткого закрепления элементов интерфейса, даже когда закрепленные за ним функции не используются;
- Возможность оперативно и без особых усилий подгрузить файлы КТ-снимков;
- Высокое качество 3D моделей;
- Большое количество документации, а так же ее доступность;
Средства идентификации носовой перегородки
Сегментация изображения (или контурирование) – это процедура очерчивания участков изображения, в частности, соответствующих различным анатомическим структурам. Данная процедура необходима для визуализации структур, измерения их параметров, ограничения области анализа и т. д.
Сегментация может быть произведена вручную, но чаще всего используются полуавтоматические и автоматические методы сегментации. 3D Slicer предлагает модуль Segment editor, в котором реализованы различные методы сегментации.
Полученные в результате сегментации участки могут быть представлены в различном виде. Некоторые способы представления, их достоинства и недостатки представлены на рис. 1.
Чаще всего используется представление в виде binary
labelmap, так как данные в таком представлении проще
редактировать.3D Slicer предоставляет модули для работы с сегментацией,
такие как Segment editor и Segment statistics.
Модуль Segment editor позволяет выделять сегменты на
2D/3D/4D изображениях. Данный модуль предлагает инструменты
для редактирования перекрывающих друг друга сегментов,
редактирования данных, представленных в трёхмерном виде и т. д. рис.2.
Модуль Segment statistics позволяет считать позволяет
считать статистику для выбранной структуры. Расчеты параметров
производятся на структуре, представленной в виде binary labelmap
— это стоит иметь в виду, так как точность такого вида
представления ограничена.
Ниже представлены основные параметры, рассчитываемые
модулем, которые могут использоваться для выполнения
поставленной задачи:
- Объём сегмента (в мм2 и см2). Метаданные формата DICOM содержат информацию о размере пикселей, расстоянии между слоями, физическом положении слоёв в пространстве их ориентации и т. д. Все эти параметры учитываются при расчёте объёма;
- Площадь поверхности (в мм2);
- “Округлость” сегмента;
- Плоскостность сегмента;
- Вытянутость сегмента (elongation).
Краткое описание функционала Segment statistics представлено в
документации к 3D Slicer. Подробное описание последних трёх
параметров и код для их расчёта можно найти здесь.