Найден следующий рабочий метод:

1. Перевод nii в dicom nii2dcm github
   1. pip install nii2dcm
   2. nii2dcm nifti-file.nii.gz dicom-output-directory/ -d MR
2. Перевод dicom в stl dicom2mesh github
   1. Скачать докер-файл
   2. docker build -t dicom2mesh -f ./Dockerfile.txt .
   3. docker run -v <директория, с файлами dicom>:/data dicom2mesh -i /data -t <значение iso (например, 557)> -o /data/mesh.stl